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目前学院下设 6 个行政科室、7个系部(中心)、1所直属附属医院。
行政科室:综合办公室、教务科、学生科、研究生管理科、实践教学科、继续教育科。
系部(中心): 基础医学部、临床医学系、预防医学系、药学系、护理系、口腔医学系、医学实验中心。
直属附属医院:西藏大学直属附属西藏自治区第二人民医院。